La gouvernance de Transitions Pro est assurée par un conseil d’administration paritaire composé de représentations syndicales employés et
employeurs. La Présidence de Transitions Pro Auvergne-Rhône-Alpes est actuellement pilotée par Maurice Croppi, représentant du MEDEF, et la vice-présidence par Claude Bost, représentant de la CFDT.
Le réseau des 18 Transitions Pro est coordonné par Certif’Pro, l’association nationale pour la certification paritaire interprofessionnelle et l’évolution professionnelle.